В четырнадцать лет он поступил вольноопределившимся в 1-й полевой Оренбургский полк и скоро обратил на себя внимание начальства своими способностями и бойким характером: на 4-й год службы он получил чин сержанта и перевёлся в Оренбургский драгунский полк, а затем в Уфимский мушкетёрский; в последнем он дослужился до офицерского чина.

Полковник И. М. Эриксон приблизил его к себе, и Иван Никитич принимал участие в формировании 26-го егерского полка, который в 1807 году начал военные действия в Пруссии против Наполеона. Скобелев зарекомендовал себя в первом же бое, отличившись особенно в битве при Петерсвальде. В следующем же году он участвовал в шведской компании, за которую награждён был золотой шпагой с надписью «за храбрость» и орденом святого Владимира 4-й степени. В битве при Кирке Коуртане ему оторвало два пальца правой руки, раздробило третий и кроме того он был сильно контужен в грудь. Полученные раны не помешали, однако, Скобелеву принять предложение Н. Н. Раевского отправиться в армию, действовавшую в Болгарии против турок. В этой компании Скобелев отличился при занятии Силистрии и Шумлы и получил орден святой Анны 3-й степени. Открывшиеся раны вынудили его уйти в отставку, в которой, впрочем, он пробыл недолго. В 1812 году Скобелев в чине капитана назначается состоять при генерал-фельдмаршале князе Кутузове, который скоро сделал его своим старшим адъютантом. По смерти своего начальника, проводил его останки в Петербург, Скобелев вновь вернулся в действующую армию. Особенно он отличился отбив вылазку французского гарнизона из крепости Майнца и под Реймсом. В последнем деле Скобелеву удалось со своим Рязанским полком пробиться через неприятельскую кавалерию, отрезавшую его от остального войска, и вместе с тем спасти раненого Э.Ф. Сен-При, бывшего на руках рязанцев. За этот подвиг, а также другие Иван Никитич получил орден святого Георгия 4-й степени, затем Владимира 3-й степени, и прусский «pour le mérite».

После заключения мира Иван Никитич Скобелев был произведён в генерал-майоры, а через 10 лет, в 1828 году, в генерал-лейтенанты. За эти десять лет Скобелев был сначала командиром 3-й бригады 2-й гренадерской дивизии, затем генерал-полицмейстером первой армии. После был начальником 3-й пехотной дивизии. Но раны давали о себе знать и Скобелев отправился на излечение в купленную незадолго деревню.

С началом восстания в Польше, Иван Никитич был вызван в войска. В марте 1831 году, командуя 3-й бригадой гренадерской дивизии и резервными дивизиями 1-го, 2-го и 3-го корпусов, он вступил в пределы Царства Польского. Это был последний военный поход в жизни Скобелева. В сражении при Минске
неприятельское ядро раздробило ему левую руку. Её пришлось ампутировать, и в то время когда врачи производили ему операцию, Скобелев сидя на барабане, и диктовал по полку свой прощальный приказ. Награждённый орденом святого Георгия
3-й степени, Скобелев отправился в деревню, вернувшись откуда через полгода, получил назначение ответственным за военные поселения, затем членом Генерал-аудиториата, инспектором резервной пехоты в Нижнем-Новгороде, после комендантом Петропавловской крепости, директором Чесменской богадельни и членом Комитета о раненых. В 1842 году Скобелев получил орден святого Александра Невского, в следующем году был произведён в генералы от инфантерии, пожалован знаком беспорочной службы, майоратом в Царстве Польском, и назначен шефом Рязанского Полка.