Сын генерал-лейтенанта Дмитрия Ивановича Скобелева и его жены Ольги Николаевны, урождённой Полтавцевой.
Родился в Петербурге 17 сентября 1843 года.
Сперва воспитывался гувернёром немцем, с которым у мальчика отношения не сложились. Потом он был отправлен в Париж в пансионат к французу Дезидерию Жирардэ. Со временем Жирардэ стал близким другом Скобелева и последовал за ним в Россию и был при нём даже во время военных действий. В дальнейшем Михаил Скобелев продолжил образование в России. В 1858–1860 годах Скобелев готовился к поступлению в Санкт-Петербургский университет под общим наблюдением академика А. В Никитенко и эти занятия были весьма успешны. Скобелев успешно сдал экзамены, но университет был временно закрыт, из-за студенческих беспорядков.
22 ноября 1861 года Михаил Скобелев поступил на военную службу в Кавалергардский полк. После сдачи экзамена Михаил Скобелев был 8 сентября 1862 года произведён в портупей-юнкера, а 31 марта 1863 года в корнеты. В феврале 1864 года он сопровождал в качестве ординарца, генерал-адъютанта графа Баранова, командированного в Варшаву для обнародования манифеста об освобождении крестьян и о наделении их землёй. Скобелев попросил о переводе в лейб-гвардейский Гродненский гусарский полк, который проводил военные действия против польских мятежников, и 19 марта 1864 года он был переведён. Ещё до перевода Михаил Скобелев провёл отпуск в качестве добровольца в одном из полков, преследовавшего отряд Шпака.
С 31 марта Скобелев в отряде подполковника Занкисова участвует в уничтожении бандформирований. За уничтожение отряда Шемиота в Радковицком лесу Скобелев был награждён орденом Святой Анны 4-й степени «за храбрость». В 1864 году он отправился в отпуск за границу, посмотреть театр военных действий датчан против немцев.
30 августа 1864 года Скобелев был произведён в поручики.
Осенью 1866 года он поступил в Николаевскую академию генерального штаба. По окончании курса академии в 1868 году Скобелев стал 13-м из 26 офицеров причисленных к генеральному штабу. У Скобелева были неблестящие успехи по военной статистике и съёмке и особенно по геодезии, но это исправлялось тем, что по предметам военного искусства Скобелев был вторым, а по военной истории первым во всём выпуске, а также был в числе первых по иностранным и русскому языку, по политической истории и по многим другим предметам.
В 1868 году окончил Академию генштаба и был направлен для службы в Туркестан.С февраля 1876 военный губернатор Ферганской области.
В виду ходатайства командующего войсками Туркестанского военного округа генерал-адъютанта фон Кауфмана I-го, Михаил Дмитриевич Скобелев, произведён в штабс-ротмистры и в ноябре 1868 года был назначен в Туркестанский округ. На место службы, в Ташкент, Скобелев прибыл в начале 1869 года и сначала состоял в штабе округа. Михаил Скобелев изучал местные способы ведения боя, также производил разведки и участвовал в мелких делах на бухарской границе, причём высказал личную храбрость.
Отношения с людьми у Скобелева однако не складывались. Он восстановил против себя часть казаков. Кроме того Скобелев был вызван на поединок двумя представителями ташкентской золотой молодёжи. Генерал Кауфман был недоволен поведением Скобелева.
В конце 1870 года Михаил был командирован в распоряжение главнокомандующего Кавказской армией, а в марте 1871 года Скобелев был отправлен в Красноводский отряд, в котором командовал кавалерией. Скобелев получил важное задание, с отрядом он должен был произвести разведку путей на Хиву. Он произвёл разведку пути к колодцу Сарыкамыш, причём прошёл по сложной дороге, при недостатке воды и палящей жаре, от Муллакари до Узункую, 437 км (410 вёрст) в 9 дней, и обратно, до Кум-Себшен, 134 км (126 вёрст) в 16,5 часов, со средней скоростью 48 км (45 вёрст) в день; при нём находилось только три казака и три туркмена. Скобелев представил подробное описание маршрута и отходящих от колодцев дорогах. Однако Скобелев самовольно просмотрел план предстоящей операции против Хивы, за что был уволен в 11-месячный отпуск летом 1871 года и отчисления его в полк. Однако в апреле 1872 года он был снова причислен к главному штабу «для письменных занятий». Участвовал в подготовке полевой поездки офицеров штаба и петербургского военного округа в Ковенскую и Курляндскую губернии, а затем сам принял в ней участие. После чего 5 июня был переведён в генеральный штаб капитаном с назначением старшим адъютантом штаба 22-й пехотной дивизии, в Новгород, а уже 30 августа 1872 года был назначен в подполковники с назначением штаб-офицером для поручений при штабе московского военного округа. В Москве он пробыл недолго и вскоре был прикомандирован к 74-му пехотному Ставропольскому полку для командования батальоном. Требования службы там он выполнял исправно. С подчинёнными и начальством Скобелев установил хорошие отношения.
Во время русско-турецкой войны 1877—1878 фактически командовал (будучи начальником штаба Сводной казачьей дивизии) Кавказской казачьей бригадой во время 2-го штурма Плевны (Плевена) в июле 1877 и отдельным отрядом при овладении Ловчей (Ловечем) в августе 1877. Во время 3-го штурма Плевны (август 1877) успешно руководил действиями левофлангового отряда, который прорвался к Плевне, но не получил своевременной поддержки от командования. Командуя 16-й пехотной дивизией, участвовал в блокаде Плевны и зимнем переходе через Балканы (через Имитлийский перевал), сыграв решающую роль в сражении под Шейново. В феврале 1878 занял Сан-Стефано под Стамбулом.
Став главой Ферганской области, Скобелев нашёл общий язык с покорёнными племенами. Сарты хорошо отнеслись к приходу русских, но всё же оружие у них было отобрано. Воинственные кипчаки, раз покорённые, держали слово и не восставали. Скобелев обращался с ними «твёрдо, но с сердцем». Наконец киргизы, населявшие хребты Алая и долину реки Кизыл-су, продолжали упорствовать. Скобелеву пришлось пройти в дикие горы с оружием в руках и применять его также и против мирного населения. Помимо умиротворения киргизов, экспедиция в горы имела также и научные цели. Скобелев с отрядом прошёл до границ Каратегина, где оставил гарнизон, и почти всюду к нему являлись старшины с изъявлением покорности.
В качестве начальника области, Скобелев особенно боролся против казнокрадства, это создало ему множество врагов. В Санкт-Петербург посыпались доносы на него с тяжкими обвинениями. Обвинения остались не подтверждёнными, однако 17 марта 1877 года Скобелев был отстранён от должности военного губернатора Ферганской области. Российское общество тогда относилось недоверчиво и даже недружелюбно к тем, кто выдвинулся в боях и походах против «халатников». Кроме того многие всё ещё воспринимали его тем не оперившимся гусарским ротмистром, каким он был в юности. В Европе ему пришлось делами доказывать, что успехи в Азии дались ему не случайно.
Скобелев был сторонником смелых и решительных действий, обладал глубокими и всесторонними знаниями в военном деле. Владел английским, французским, немецким и узбекскими языками. Хорошо обходился с солдатами, был другом В. В. Верещагина и, по некоторым данным, симпатизировал «Народной воле»[1]. Успешные действия Скобелева создали ему большую популярность в России и Болгарии, где его именем были названы улицы, площади и парки во многих городах.
Скобелев обладал великолепным стратегическим мышлением. Так, по некоторым данным, при осаде Плевны он предложил Государю отправить его с незначительными силами в Индию, чтобы поднять там восстание индусов против англичан. Послевоенное развитие событий показало правильность оценки Скобелевым роли Англии в русско - турецкой войне.
По окончании Русско-Турецкой войны вернулся в Туркестан. В 1878—1880 командовал корпусом. В 1880—1881 руководил 2-й Ахалтекинской экспедицией, во время которой была завоёвана Туркмения. В 1882, находясь в Париже, выступил в защиту балканских народов, против агрессивной политики Германии и Австро-Венгрии, что вызвало международные осложнения.
Был отозван императором Александром III и вскоре внезапно умер.
Сразу после смерти Скобелева в его честь был переименован парусно-винтовой корвет «Витязь». В 1912 году в Москве на Тверской площади на народные средства Скобелеву был воздвигнут конный памятник (площадь получила второе название Скобелевской), но в 1918 году он был снесён. В 2008 году планируется установка памятника генералу Скобелеву в Самаре.